O gospodarowaniu w lasach obecnego Nadleśnictwa Dębno w okresie przedwojennym wiadomo nie wiele. Lasy na tych terenach stanowiły własność państwową oraz były własnością prywatnych właścicieli ziemskich.
Na podstawie spostrzeżeń terenowych dokonanych w 1950 roku można wnioskować, iż lasy użytkowane były przeważnie rębnią zupełną,a odnawiano sztucznie przez sadzenie.
Po II wojnie światowej lasy nadleśnictwa były w bardzo złym stanie wskutek prowadzonych działań wojennych. Wiele wysiłku poświęcono na usuwanie szkód spowodowanych tymi działaniami, a owoce pracy ówczesnych leśników można podziwiać dziś w postaci pięknych drzewostanów.
Po II wojnie światowej lasy obecnego Nadleśnictwa Dębno były administrowane przez dwa nadleśnictwa: utworzonego w 1945 toku na bazie poniemieckiego Nadleśnictwa Cychry (Zicher) Nadleśnictwa Dębno oraz utworzonego w 1946 roku Nadleśnictwa Namyślin.
Nadleśnictwo Dębno według danych z roku 1951 obejmowało powierzchnię 7694,24 ha. W 1967 roku obszar Nadleśnictwa Dębno uległ zwiększeniu na skutek przyjęcia leśnictwa Barnówko należącego do Nadleśnictwa Mosina. Zmiana ta miała na celu dostosowanie granic sąsiadujących nadleśnictw (Dębno i Mosina) do granicy województw: szczecińskiego i zielonogórskiego. Powierzchnia nadleśnictwa w 1967 roku wynosiła 9631,91 ha. W 1973 roku część powierzchni Nadleśnictwa Myślibórz Południe (leśnictwo Borne, część leśnictwa Mosina, część leśnictwa Ostrowiec oraz część leśnictwa Dyszno) przekazano do Nadleśnictwa Dębno jako obręb Myślibórz Pd. Z części przyłączonych gruntów utworzono nowe leśnictwo Borne o pow. 1453,87 ha. Pozostałe grunty tj. 854,52 ha przyłączono do leśnictwa Barnówko wchodzącego już w skład Nadleśnictwa Dębno.
W skład Nadleśnictwa Namyślin wchodziły dwa obręby Namyślin i Drzewice. W 1953 roku Nadleśnictwo Drzewice podzielono na dwie mniejsze jednostki administracyjne: Nadleśnictwo Namyślin i Nadleśnictwo Drzewice. Taki podział utrzymywał się do 1958 r., w którym ponownie połączono te dwa nadleśnictwa tworząc Nadleśnictwo Namyślin istniejące do 1978 roku.
W 1979 roku połączono Nadleśnictwa Dębno i Namyślin i utworzono  3 – obrębowe Nadleśnictwo Dębno, tj. obręb Dębno z byłego nadleśnictwa Dębno oraz obręby Namyślin i Kłosów z byłego Nadleśnictwa Namyślin. W tym samym roku włączono obręb Kłosów do obrębu Namyślin, co ostatecznie sformalizowało granice
Nadleśnictwa Dębno.
    W 2002 roku powierzchnię nadleśnictwa wyłączono z obrębu Namyślin powierzchnię 151,82 ha, która została przekazana do Nadleśnictwa Mieszkowice oraz zmniejszono zasięg terytorialny nadleśnictwa ze względu na utworzenie Parku Narodowego „Ujście Warty".
    W obecnych granicach Nadleśnictwo funkcjonuje od dnia 1 stycznia 2013 r.
Także od dnia 1 stycznia 2013 r. połączono obręb Dębno z obrębem Namyślin, tworząc Nadleśnictwo Dębno z jednym obrębem Dębno.